Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sistem operasional dalam hubungannya dengan pembiayaan murabahah dan untuk mengetahui pengendalian internal yang diterapkan dalam hal pembiayaan murabahah. Penelitian ini dilakukan di KJKS Ibu Mandiri Serpong yang difokuskan pada pembiayaan murabahah. Data diperoleh dengan mengadakan penelitian pendahuluan, wawancara, observasi, dan literatur. Pada penelitian ini menggunakan lima unsur pengendalian internal, yaitu: lingkungan pengendalian, penaksiran risiko, informasi dan komunikasi, aktivitas pengendalian dan pemantauan. Dokumen dan catatan akuntansi yang digunakan dalam pembiayaan murabahah adalah formulir permohonan pembiayaan, akad murabahah, surat pemeriksaan jaminan, slip penerikan, kwitansi, slip setoran. Dari hasil penelitian secara keseluruhan dapat dikatakan pengendalian internal pembiayaan murabahah di KJKS Ibu Mandiri adalah cukup efektif karena secara keseluruhan sudah dijalankan cukup baik diantaranya: masing-masing staf sudah mengetahui tugasnya, penyimpanan file dan dokumen yang ada ditempatkan yang aman dan tahan api, Untuk pembiayaan yang melebihi flapond yaitu Rp 2.000.000,00 untuk memberikan agunan maka harus ada agunan.