Penerimaan zakat pada Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS) dan Rumah Zakat pada periode 2009-2011 mengalami penurunan terus menerus. Sementara pada periode yang sama penerimaan zakat Dompet Dhuafa bergerak naik terus setiap periodenya, dimana peningkatan tertinggi terjadi pada tahun 2010 sebesar 1072%. Hal ini dikarenakan meningkatnya jumlah kas dan setara kas, dana bergulir, investasi dan aset tetap yang dicapai oleh Dompet Dhuafa. Lalu apakah kinerja masing-masing Lembaga Pengelola Zakat tersebut sebanding dengan besarnya perolehan penghimpunan dana zakatnya. Karena itu Lembaga Pengelola Zakat perlu dianalisis kinerja keuangannya untuk bahan evaluasi dalam rangka meningkatkan kinerjanya agar menjadi lebih baik juga sebagai bentuk pertanggung jawabannya kepada para muzakki. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui dan membandingkan kinerja keuangan Lembaga Pengelola Zakat BAZNAS, Dompet Dhuafa dan Rumah Zakat. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif melalui pendekatan deskriptif dengan menggunakan rasio PEBS FE UI & IMZ. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa dari lima rasio PEBS FE UI & IMZ, BAZNAS unggul pada empat rasio yang ada, yaitu Rasio Pertumbuhan Dana Khusus Zakat, Rasio Biaya Operasional, Rasio Biaya Program, Dan Rasio Pertumbuhan yang menjadi kekuatan BAZNAS sebagai badan yang mengelola zakat secara nasional sekaligus bapak dari lembaga amil zakat lainnya, agar mampu mencerminkan kinerja yang baik.