BMT merupakan lembaga keuangan mikro yang banyak membantu persoalan masyarakat menengah ke bawah, khususnya dalam hal pemberian pembiayaan. Akan tetapi, tidak sedikit BMT yang tutup dan bermasalah karena masalah kredit macet dalam pembiayaan yang dikarenakan karena kurangnya pengetahuan mengelola BMT dan adanya kelemahan pengendalian dan sistem pemantauan, terutama sistem pengendalian untuk skema pembiayaan. BMT harus lebih meningkatkan prinsip kehati-hatian dalam menyalurkan pinjaman untuk menghindari terjadinya hal-hal yang tidak diinginkan. Oleh karena itu, perlu peningkatan Sistem Pengendalian Internal (SPI) agar risiko pembiayaan bermasalah dapat dicegah. Penelitian ini mengacu pada sistem pengendalian internal berdasarkan kerangka COSO. Obyek penelitian ini adalah 13 BMT di Kota Depok. Metode yang digunakan adalah metode analisis deskripsi dengan pendekatan kualitatif dan kuantitatif. Hasil penelitian yang dilakukan menunjukkan bahwa sistem pengendalian internal pada 13 BMT di Kota Depok berjalan efektif. Hal ini didukung oleh hasil jawaban kuisioner yang berhubungan dengan efektivitas pengendalian internal sebesar 86%. Kelemahan terdapat pada kurangnya pemeriksaan mendadak atas penggunaan dana oleh nasabah, ketidaklengkapan flowchart dan formulir nomor urut tercetak.