Penelitian ini bertujuan untuk menemukan dan mengetahui isu dan tantangan audit syariah di lembaga keuangan syariah di Indonesia.. Pembahasan kajian ini menggabungkan teknik penelitian kepustakaan (library research). Hasil dari penelitian ini menemukan bahwa terdapat empat isu terkait audit syariah di lembaga keuangan syariah di Indonesia yaitu, 1) Belum ada kerangka kerja audit syariah, 2) Ruang lingkup audit syariah terbatas pada laporan keuangan, 3) Belum seimbangnya kualifikasi auditor syariah dalam bidang akuntansi dan syariah, 4) Kurangnya independensi auditor syariah. Merujuk kepada isu tersebut maka hal-hal yang menjadi tantangan terkait audit syariah di lembaga keuangan syariah di Indonesia yaitu, 1) Terciptanya kerangka kerja khusus yang dapat mengakomodir prinsip dan hukum Islam untuk LKS, 2) Pemeriksaan auditor syariah tidak hanya kepada perihal kesesuaian laporan keuangan dengan standar yang berlaku serta kesyariahan produk tetapi mencakup semua aspek syariah, 3) Meningkatkan kapabilitas auditor syariah, 4) Menguatkan peran dan wewenang auditor syariah.